نینجوتسو (Ninjutsu - به معنای فنون نینجا) یکی از سه دسته‌ی اصلی جوتسو است. نینجوتسو مبهم‌ترین دسته از این سه است، و می‌توان آن را به طور ساده هر چیزی به غیر از گنجوتسو و تایجوتسو دانست. بیشتر نینجوتسوها نیاز به چاکرا و مهر دست دارند اما این موضوع همیشگی نیست. نینجوتسو دارای دامنه‌ی گسترده‌ای است و شامل زیردسته‌هایی زیادی می‌شود، از جمله: نینجوتسوی پزشکی، نینجوتسوی تناسخ، نینجوتسوی فضا-زمان، نینجوتسوی حصار، نینجوتسوی مهر و موم، و جوتسوی مهر نفرین.
اکثر نینجوتسوها از دگرگونی شکل استفاده می‌کنند که مرتبط با کنترل کردن فرم و حرکت دادن نینجوتسو است. این در حالی است که دگرگونی طبیعت به تغییر دادن خواص فیزیکی نینجوتسو مرتبط است. یک نینجا با تمرین و تجربه‌ی زیاد می‌تواند یک نینجوتسوی خاص را به گونه‌ی طبیعت ثانویه خود تبدیل کند و با اراده‌ی خود آن را اجرا کند.
پیش‌زمینه
نینجوتسو در واقع تباهی انسان در استفاده از نینشوی دانای شش طریقت است که توسط پسر او یعنی ایندرا خلق شد. انسان‌ها به جای استفاده از چاکرا به منظور دستیابی به درک و صلح که هدف اصلی این حکیم بود، از آن در جهت جنگ و به عنوان سلاح استفاده کردند. به مرور زمان شینوبی‌ها به این باور رسیدند که هاگورومو خودش نینجوتسو را ابداع کرده است و نه پسر بزرگ او.
