مهرهای دست (Hand Seal) برای اجرای بسیاری از فنون نینجوتسو، گنجوتسو و هنرهای سری دیگر به غیر از تایجوتسو استفاده می‌شود. مهر و موم دست توسط ایندرا اوتسوتسوکی ابداع شد. این مهرها طراحی شده‌اند تا مردم به کمک آن قادر به احضار و قالب‌سازی چاکرا برای انجام فنون باشند. مهرهای دست مختلفی برای هر فن وجود دارند که اجرای آن ملزم به دانستن آن مهر است.
در حالی که اجرای فنون ممکن است به تعدادی از مهرهای دست نیاز داشته باشد اما یک نینجای ماهر می‌تواند فن مورد نظر را با تعداد مهر کمتری اجرا کند. برای نمونه اجرای رهاسازی آب: فن گلوله‌ی اژدهای آب در کل نیاز به ۴۴ مهر دست دارد اما هوکاگه دوم یعنی توبیراما سنجو تنها با یک مهر قادر به اجرای آن است که این موضوع نشان از تجربه‌ی خارق‌العاده‌ی او دارد.
در مواردی نادر یک شینوبی ممکن است قادر به انجام مهرهای دست تنها با یک دست خود باشد. ناروتو اوزوماکی، میناتو نامیکازه، بوروتو اوزوماکی، سای، دیدارا و ایتاچی اوچیها از جمله افرادی هستند که با یک دست عمل مهر و موم را انجام داده‌اند.
حتی در مواردی نادرتر شینوبی‌هایی هستند که تمرینات سنتی خود را به کل رها کرده‌اند و به خاطر سرعت و واکنش‌های سریعی که در شیوه‌ی مبارزه‌ی خود دارند قادر به توسعه‌ی فنونی بدو نیاز به مهر دست شده‌اند.
برخی رهاسازی‌های عنصری (آتش، آب، باد و ...) اغلب با مهرهای دست وابسته تمام می‌شوند. برای نمونه رهاسازی آتش اغلب با مهر ببر تمام می‌شود، و رهاسازی زمین و چوب اغلب با مهر مار تمام می‌شود.
مهرهای دست پایه
دوازده مهر دست پایه وجود دارد که هر کدام به دنبال یکی از حیوانات تقویم زودیاک چینی آمده است:
- موش: این مهر دست معمولا مرتبط با فنون سایه‌ای ویژه از قبیله‌ی نارا است.
- گاو
- ببر: این مهر دست عموما مرتبط با رهاسازی زمین و آتش است.
- خرگوش
- اژدها
- مار: این مهر دست عموما مرتبط با رهاسازی چوب، زمین و برق است.
- اسب
- گوسفند
- میمون
- پرنده: این مهر دست عموما مرتبط با رهاسازی باد است.
- سگ: این مهر دست عموما مرتبط با رهاسازی آب و در مواردی رهاسازی یخ است.
- خرس
