جونین (Jōnin - به معنای: نینجای عالی) شینوبی‌های با تجربه‌ی بالا و ماهر هستند که به عنوان کاپیتان‌های نظامی خدمت می‌کنند. جونین‌ها اغلب قابلیت استفاده از دو عنصر چاکرا را دارا هستند. برای یک Jonin، رفتن به ماموریت‌ها به صورت انفرادی غیرمعمول است. آن‌ها معمولا به ماموریت‌های سطح A فرستاده می‌شوند و اگر از تجربه کافی برخوردار باشند ماموریت‌های سطح S که دشوارترین آن‌ها است را دریافت می‌کنند.
یک نینجا وقتی می‌تواند به درجه جونین ارتقا پیدا کند که تعداد کافی از اهالی دهکده و بالاترین مقام دهکده یعنی کاگه او را مناسب این درجه بدانند. راه دیگری که در انیمه نمایش داده شده شرکت در آزمون جونین است.
زمانی که یک نینجا به مقام جونین می‌رسد ممکن است برای نظارت بر یک گروه سه نفره از گنین‌ها اختصاص داده شوند. وظیفه‌ی آن‌ها تمرین دادن گنین‌ها است تا به نینجایی شایسته تبدیل شوند. همین طور تشخیص آمادگی گروه برای شرکت در آزمون‌های چونین بر عهده جونین است.
در دهکده کونوهاگاکوره انتخاب رسمی هوکاگه از میان نامزدها با رای اعتماد جونین‌ها صورت می‌گیرد. آن‌ها همچنین یک درجه ویژه به نام فرمانده جونین دارند. شینوبی هایی مهارت‌هایشان تنها در یک حوزه خاص در سطح جونین است تحت عنوان جونین توکوبتسو (Tokubetsu Jōnin) طبقه‌بندی می‌شوند.
