جونین توکوبتسو (Tokubetsu Jōnin به معنای نینجای عالی ویژه) نینجایی است که بر خلاف داشتن مهارت‌های جونین در تمام محدوده‌ها تنها در یک ویژگی خاص برتری دارد، مانند استوارها در دنیای واقعی. برای نمونه ایبیکی مورینو بر عملکر ذهن انسان درک کامل دارد و این موضوع او را تبدیل به یک بازجوی حرفه‌ای کرده است. آن‌ها در محدوده خود متخصصانی نخبه هستند که اغلب زیر نظر یک جونین معمولی فعالیت می‌کنند و در شرایط مورد نیاز به خدمت گرفته می‌شوند.

دانستنی ها

در بازی Naruto: Rise of a Ninja جونین توکوبتسو با نام شینوبی نخبه (elite shinobi) شناخته می‌شوند.