ابزارهای علمی نینجا (Scientific Ninja Tools) دسته‌ای از ابزارهای پیشرفته نینجا هستند که در دهه‌های پس از جنگ جهانی چهارم شینوبی و در نتیجه همکاری و شبکه‌سازی بی‌سابقه بین دهکده‌ها تولید شدند.
گروه علمی سلاح‌های نینجای کونوهاگاکوره که توسط کاتسوکه تون هدایت می‌شود، رهبران این رشته محسوب می‌شوند. انجمن مخفی کارا نیز در زمینه پیشرفت و تکثیر ابزارهای علمی نینجا فعال بوده است. رهبر این گروه یعنی جیگن و دانشمند آن یعنی آمادو به پالایش این ابزارها پرداخته‌ند و نتایج آن‌ها حتی فراتر از توانایی کونوهاگاکوره بوده است. آمادو در مقطعی از این گروه جدا شد به کونوهاگاکوره مهاجرت کرد.
انواع ابزارهای علمی نینجا
- نوع کندانسور (Condenser Type): این ابزارها از یک کندانسور چاکرا برای جمع آوری چاکرا برای اجرای جوتسوها استفاده می‌کنند و از یک سیستم ویژه نیز برای خواندن کارتریج‌های اسکرول بهره می‌برند.
- نوع بایونیک (Bionic Type): ابزارهای علمی نینجا اندام‌های مصنوعی هستند که بر اساس مهندسی عروسک‌های سنتی و تحقیق در مورد خصوصیات منحصر به فرد سلول‌های هاشیراما سنجو توسعه یافته‌اند. این ابزارها از یک گردش چاکرای مصنوعی برای وصل شدن با بدن گیرنده استفاده می‌کنند.
- نوع تقویت‌کننده (Amplification Type): ابزارهایی که توسط چاکرای کاربر تامین می‌شوند یا با فعال کردن یک جوتسو شروع به کار می‌کنند. این ابزارها باعث تقویت توانایی‌های طبیعی کاربر یا فعال شدن اثراتی خاص می‌شوند.
- نوع تکنولوژی پیشرفته (Advanced Technology Type): ابزارهای علمی نینجا ابزارهای سنتی نینجا هستند که با کمک علم و تکنولوژی بهبود یافته‌اند.
شینوبی-افزار
ابزارهای مکانیکی یکپارچه نینجا به طور خلاصه با نام شینوبی-افزار یا شینوبی-ور (Shinobi-Ware) شناخته می‌شوند، ابزارهای از نوع بایونیک هستند که به عنوان پروتز یا کاشت عضو برای هر نظامیان و غیرنظامیان استفاده می‌شود.
این ابزار در ابتدا توسط کاتاسوکه تونو ابداع و توسعه یافت، اما اعضای کارا تحقیقات کاتاسوکه را ربودند، به کمک آمادو به گسترش طراحی‌ها پرداختند به شینوبی-افزارهای پیشرفته‌تری دست یافتند.
