شنوبی (Shinobi) به غیر از این که در مجموعه ناروتو به معنای نینجا است بیشتر اشاره به قدرت اصلی نظامی در این مجموعه دارد. یک نینجای مونث با عنوان کونویچی (kunoichi) شناخته می‌شود. این نینجاها بیشتر از دهکده‌های مخفی و قبیله‌های نینجا می‌آیند و در قبال انجام ماموریت‌ها دستمزد می‌گیرند. این ماموریت‌ها شامل اموری مثل اسکورت کردن، جمع آوری اطلاعات سری، بازیابی موارد ربوده شده، ترور کردن و... هستند. در زمان‌های جنگ نینجاها متحد می‌شوند تا از دهکده‌های خود دفاع کنند. مهم‌ترین مشخصه یک شینوبی توانایی در کنترل چاکرا برای ایجاد و اجرای فنون مختلف است. از شنوبی‌ها انتظار می‌رود در تمام عمر به دهکده‌ی خود وفادار باشند و اگر هر گونه خیانتی انجام دهند به عنوان شینوبی فراری یا نینجای سرکش (Missing-nin) تلقی می‌شود و برای مرگ علامت‌گذاری می‌شوند.
جوتسو
جوتسو، هنرهای عرفانی است که یک نینجا از آن در نبردها استفاده می‌کند. هر نینجا برای استفاده از هر فن، به استفاده از چاکرا نیازمند است. یک نینجا برای اجرای یک فن دو انرژی چاکرا را رهاسازی می‌کند. با مهرهای دست (hand seals) آن‌ها قابلیت انجام فن مورد نظر خود را خواهد داشت. به دلیل وجود مهرهای دست گسترده و ترکیب‌های مختلف آن، هزاران فنون بالقوه کشف شده است.
شنوبی می‌تواند از فنون گوناگونی استفاده کند که اغلب بر اساس بهره گرفتن از چاکرا است. این موضوع به شینوبی اجازه می‌دهد تا حرکات برجسته‌ای مثل راه رفتن روی آب یا حرکت روی درختان را انجام دهد. جوتسوها در سه گروه تقسیم بندی می‌شوند: نینجوتسو، گنجوتسو و تایجوتسو. نینجوتسو بر اجرای حرکات ماورا طبیعی یا فراتر از توانایی‌های معمول دلالت دارد که متداول‌ترین آن مرتبط به جوتسوی عناصر است به این صورت که کاربر چاکرای خود تبدیل به یک عنصر طبیعی مثل برق، سنگ، آتش، باد و آب می‌کند. زیرشاخه‌های دیگری از چاکراهای طبیعت مثل رها کردن چوب و یخ نیز وجود دارد که با ترکیب پنج عنصر اصلی ایجاد می‌شود. تایجوتسو بر فنون فیزیکی بدن دلالت دارد که ممکن است نیاز به چاکرا داشته باشد یا نداشته باشد. گنجوتسو به واسطه استفاده از چاکرا ذهن دشمنان را هدف می‌گیرد و در جریان چاکرای آن‌ها اختلال ایجاد می‌کند. این باعث می‌شود تا دشمنان توهماتی را باور کنند که در واقعیت وجود ندارند.
