سر نینجا (Head Ninja) مقامی در نظام شینوبی کوموگاکوره است. این درجه بین جونین و کاگه و منحصر به دهکده خود است. این نینجاها به عنوان یک شینوبی عالی درجه برای ماموریت‌های مهم سیاسی فرستاده می‌شوند، برای نمونه به عنوان سفیر برای معاهده‌های صلح به دیگر دهکده‌ها سفر می‌کنند. تنها یک بار به این مقام اشاره شده که مربوط به نه سال قبل از نقطه شروع مجموعه ناروتو است: یک سر نینجای بی‌نام (تصویر بالا) برای معاهده صلح به کونوهاگاکوره فرستاده می‌شود اما به دلیل اقدام برای ربودن هیناتا هیوگا کشته می‌شود.
دانستنی ها
در کونوهاگاکوره نیز مقامی مشابه به نام فرمانده جونین وجود دارد که بر خلاف سر نینجا یک درجه مجزا محسوب نمی‌شود.
