چونین (Chūnin به معنای نینجای متوسط) نینجاهایی هستند که به سطح بلوغ و توانایی در مدیریت مهارت‌ها و تاکنیک‌ها رسیده‌اند. اغلب به چونین ها ماموریت‌های سطح C یا سطح B داده می‌شود. برخی از این نینجاها مثل ایروکا اومینو و شینو آبوراما معلم آکادمی نیز شده‌اند.
برای تبدیل شدن به چونین، گنین‌ها باید در یک محک گسترده به نام آزمون‌های چونین شرکت کنند. افرادی که موفق به گذراندن این امتحان شوند تبدیل به یک چونین می‌شوند و با پوشیدن یک ژاکت نظامی حاوی طومارهای نینجوتسو شناسایی می‌شوند. پوشیدن این جلیقه‌ها اجباری نیست و برخی پوشش‌های دیگری را انتخاب می‌کنند.
