دوره کشورهای متخاصم (Warring States Period) دوره‌ای پرخشونت و طولانی پیش از شکل گرفتن دهکده‌های پنهان بود.
تاریخچه
در طول این دوره، کشورهای دنیا کوچک بودند و برای تصاحب سرزمین‌های بیشتر به طور مداوم با یکدیگر در حال مبارزه بودند. کشورها برای این نبردها، یک یا چند قبیله شینوبی را به عنوان مزدور استخدام می‌کردند. جنگ‌های مداوم با تلفات مداوم همراه بود، و طول عمر افراد به طور متوسط به سی سال رسیده بود. کودکان بزرگترین قربانیان این دوران بودند و مجبور بودند برای قبیله خود بجنگند و بیشتر اوقات توسط حریفان ماهرتر کشته می‌شدند.
در میان تمام این نبردها، دو قبیله به عنوان قوی‌ترین‌ها ظاهر شدند: قبیله سنجو، که دلیل مهارت متعادلی در همه هنرهای شینوبی داشت و قبیله اوچیها، که به خاطر داشتن شارینگان معروف بودند. هرگاه کشوری یکی از این دو را استخدام می‌کرد، کشور مقابل نیز قبیله‌ی دیگر را استخدام می‌کرد. این رقابت همیشگی باعث خصومت عمیقی بین این دو قبیله شد، به طوری که اعضای هر دو قبیله عزیزان خود را به خاطر قبیله مخالف از دست داده بودند. با وجود خصومت قبیله‌ها، اما این سنجو و اوچیها بودند که به این دوره خشونت‌آمیز پایان دادند. هاشیراما سنجو و مادارا اوچیها در کودکی با هم ملاقات کردند و در آن زمان از هویت یکدیگر بی‌خبر بودند. آن‌ها به سرعت با هم دوست شدند و آزرویشان این بود که دنیایی آرام داشته باشند که کودکان در آن نجنگند.
هاشیراما و مادارا سرانجام به هویت یکدیگر پی بردند و دیدار دوستانه آن متوقف شد. سال‌های بعد، هر دو به بارها در جبهه‌های جنگ با یکدیگر روبرو شدند و جنگیدند و هر کدام به رهبر قبیله خود تبدیل شدند. هاشیراما تلاش کرد تا از موقعیت رهبری خودش و مادارا برای برقراری صلح بین دو قبیله استفاده کند. اگرچه مادارا ابتدا قصد پذیرفتن این پیمان را داشت، اما مرگ آخرین برادر باقیمانده او یعنی ایزونا دیدگاه او را عوض کرد. با این حال اکثر اعضای دیگر اوچیها این پیمان صلح را پذیرفته بودند و خود را تسلیم سنجو کردند. مادارا سعی کرد طی یک نبرد نهایی هاشیراما و سنجو را شکست دهد اما در نهایت شکست خورد. از آنجایی که هاشیراما حتی حاضر بود جان خودش را برای برقراری صلح بدهد، مادارا صلح را پذیرفت.
متحدین سنجو و اوچیها با سرزمین آتش پیمانی بستند تا یک دهکده شینوبی را در آنجا بنیان کنند و این دهکده كونوهاگاكوره نام گرفت. سایر قبایل که مایل به مشارکت در صلح بودند نیز در کونوها مستقر شدند، مثل قبایل شیمورا و ساروتوبی. قبایل دیگری که در کشورهای دیگر بودند نیز به چنین نتیجه‌ای رسیدند. اوچیها و سنجو توانستند اختلافات خود را کنار بگذارند و یک اتحاد را ایجاد کنند. بدین ترتیب دوره کشورهای متخاصم به پایان رسید و یک سیستم سازمان‌یافته شینوبی در پنج کشور بزرگ شینوبی شکل گرفت.
