جنگ جهانی سوم شینوبی (Third Shinobi World War) سومین جنگ از چهار جنگ شینوبی بود که اکثر دهکده‌های شینوبی را درگیر کرد. این جنگ بیش از ده سال قبل از شروع مجموعه اتفاق افتاد. در آن مقطع پنج کشور بزرگ شینوبی با کاهش قدرت ملی روبرو شده بود و در حال فروپاشی بود. در امتداد مرزهای این کشورها همیشه درگیری‌هایی با کشورهای کوچکتر وجود داشت. طولانی شدن درگیری‌ها به تدریج شعله‌های آتش را به گسترده‌تر کرد، تا این که سرانجام به یک جنگ همه جانبه تبدیل شد. این درگیری یک جنگ فرسایشی بی‌سابقه بود که همه کشورها را با کمبود ذخایر جنگی همراه کرد. حتی با وجود قدرت بزرگی مثل کونوها هم کودکان به میدان نبرد کشیده شدند و بسیاری از آن‌ها جان خود را در طول جنگ از دست دادند.
