گنجوتسو (Genjutsu - به معنای فنون توهم) یکی از دسته‌های اصلی جوتسو است که از چاکرا استفاده می‌کند. بر خلاف نینجوتسو، تاثیرات گنجوتسو واقعی نیست و قربانیان تنها توهمات حسی را تجربه می‌کنند.
نگاه کلی
گنجوتسو زمانی ایجاد می‌شود که یک نینجا قادر به کنترل جریان چاکرای سیستم عصبی هدف باشد، در نتیجه او می‌تواند بر حواس پنج گانه هدف تاثیر بگذارد. این نوع جوتسو اغلب برای ایجاد تصویری اشتباه از واقعیت یا فریب دادن بدن به منظور تجربه‌ی درد فیزیکی استفاده می‌شود. بنا بر اطلاعات ذکر شده در انیمه، گنجوتسو روی پروزانسفالون مغز تاثیر می‌گذارد و از این رو می‌تواند روی انسان‌ها، سگ‌ها و دیگر پستانداران تاثیرگذار باشد اما مثلا حشرات که فاقد این بخش در مغزشان هستند، گنجوتسو را احساس نمی‌کنند.
با وجود سودمند بودن گنجوتسو اما بیشتر شینوبی‌ها از نینجوتسو و تایجوتسو استفاده می‌کنند، چرا که اجرای گنجوتسو دشوار است و به کنترل چاکرای دقیق و هوشمندی بالایی احتیاج دارد. این پیش‌نیازها باعث شده تا فرد ماهری مثل جیرایا هم نتواند از آن استفاده کند. گنجوتسو بیشتر توسط اعضای قبیله اوچیها استفاده می‌شود که به طور ژنتیکی از شارینگان بهره‌مند هستند.
