جنگ جهانی دوم شینوبی (Second Shinobi World War) دومین جنگ از چهار جنگ بزرگ بود که اکثر روستاها و کشورهای شینوبی را درگیر کرد. درباره سیاست‌های این دوران اطلاعات زیادی در دست نیست، اما درگیری‌های شناخته شده‌ای بین دهکده کونوهاگاکوره به رهبری هوکاگه سوم، دهکده سوناگاکوره احتمالا به رهبری کازکاگه سوم، دهکده آمگاکوره به رهبری هانزوی سمندر، و دهکده ایواگاکوره احتمالا تحت رهبری تسوچیکاگه سوم وجود دارد. ظاهرا بیشتر نبردهای این جنگ در کشورهای جزئی مانند آمگاکوره صورت گرفته است و آن‌ها را ویران کرده است. نتیجه نهایی این جنگ ظاهرا به نفع کونوها بوده است. ناگاتو این درگیری بزرگ را جنگی توصیف کرده است که توسط کونوها آغاز شده است.
پیش‌زمینه
جنگ جهانی شینوبی اول با پیمان آتش بس به پایان رسید، اما پنج کشور بزرگ شینوبی به شدت خسارت دیدند. این پیمان به یک دوره‌ی صلح منجر شد اما پس از حدود بیست سال، اختلاف‌های اقتصادی بین کشورها به یک مشکل جدی تبدیل شد. کشورها شروع به تشکیل جناح‌هایی کردند و به بهانه استفاده از حقوق عادلانه نیروهای نظامی خود را گسترش دادند. همین اتفاقات باعث شروع یک جنگ جهانی دیگر شد.
