داستان Sword Art Online در قالب چند آرک (بخش داستانی) اصلی و آرک فرعی روایت می‌شود. در این صفحه محوریت کلی آرک‌های اصلی توضیح داده شده است.

آرک Aincrad

۶ نوامبر سال ۲۰۲۲ نقطه‌ی شروع داستان Sword Art Online است، جایی که اولین و مورد انتظارترین بازی واقعیت مجازی MMORPG (نقش آفرینی آنلاین چند نفره با کاربران زیاد) که برای یک کنسول VR به نام نروگیر (NerveGear) توسعه داده شده بود، به طور رسمی در دسترس عموم قرار گرفت. ۱۰ هزار نسخه‌ی اولیه از این بازی در کسری از ثانیه به فروش رفت و بازیکنان زیادی به بازی وارد (log in) شدند.

با این حال لذت بردن از بازی چند ساعت پیشتر طول نکشید پس از سپری شدن مدتی بازیکنان متوجه شدند که دکمه‌ی مربوط به خروج (log out) کار نمی‌کند. بازیکنان کمی بعد به شهر افتتاحیه تلپورت شدند، جایی که یک آواتار از آسمان فرود آمد و خودش را کایابا آکیهیکو، سازنده‌ی بازی معرفی کرد.

آکیهیکو به تمام بازیکنان اعلام کرد که تنها راه برای لاگ اوت شدن این است که تمام غول‌ها یا باس‌های هر طبقه از قلعه‌ی شناور اینکراد را شکست دهند. او همچنین به بازیکنان هشدار داد که تمام روش‌های تجدید حیات از بازی حذف شده‌اند و این که اگر آن‌ها در بازی بمیرند، یا کسی در دنیای واقعی به زور آن‌ها را از نروگیر جدا کند، و یا اگر نروگیر از برق کشیده شود یا اتصال آن با سرورها قطع شود، به این ترتیب کنسول به واسطه‌ی مایکروویوها مغز بازیکن را نابود خواهد کرد.

آکیهیکو برای این که ثابت حرف‌هایش جدی است آواتار هر بازیکن را مجبور کرد تا در دنیایی واقعی ظاهر خود را تغییر دهد و همچنین بخش آموزشی بازی را به صورتی که تمایل داشت به پایان برسانند: به این صورت که هر کدام دنیای خود را بسازند و از آن محافظت کنند. به این ترتیب بازی مرگبار Sword Art Online آغاز شد.

یکی از هزار بازیکن بخش آزمایشی بازی کیریتو بود. او سفر بقای خود را به عنوان یک بازیکن انفرادی شروع کرد و رسیدن به سطوح (لول‌های) بالاتر به سمت نزدیک‌ترین دهکده خیز برداشت.

آرک Fairy Dance

دو ماه از پایان رویداد سورد آرت آنلاین (SAO) گذشته است. اگرچه اکثریت بالغ بر ۶,۱۴۷ نفر از بازیکنان زنده مانده موفق به خروج (لاگ اوت) شدند. اما ۳۰۰ نفر از آن‌ها از جمله آنسونا به دلایل نامشخصی هنوز بیدار نشدند. کیریگایا کازوتو (کیریتو) کسی بود که موفق شد موقعیت آسونا را از یک نماینده‌ی بخش اقدامات متقابل با SAO دریافت کند. او که این اطلاعات را در قبال تبادل اطلاعات در مورد حادثه‌ی SAO به دست آورده بود به طور مداوم به ملاقات آسونا در بیمارستان می‌رفت.

در طی یکی از این ملاقات‌ها پدر آسونا مردی به نام سوگو نوبویوکی را به داخل اتاق آورد. نوبویوکی نشان داد که در هفته‌ی آتی قرار است با آسونا ازدواج کند و آسونا نیز در مورد این تصمیم قادر به انجام هیچ کاری نبود. نوبویوکی مدعی شد که حق انجام هر کاری را دارد چرا که او مسئول کمپانی RECT Progress است. در واقع بعد از فروپاشی کمپانی آرگس (Argus) که عرضه بازی را بر عهده داشت، حالا کمپانی RECT Progress مدیریت سرورهای Sword Art Online را بر عهده گرفته بود.

روز بعد کازوتو ایمیلی را از آگیل (اندرو گیلبرت میلز) دریافت کرد. این ایمیل حاوی عکسی از یک زندان پرنده بود و آسونا را داخل آن نشان می‌داد.

کازوتو به واسطه‌ی اندرو پی برد که این عکس توسط بازیکنانی که در بالای درخت جهان الف‌هایم آنلاین (ALfheim Online) در حال پرواز بودند گرفته شده است. کازوتو بعد از به دست آوردن اطلاعات بیشتری در مورد این بازی که توسط RECT Progress تولید شده بود تصمیم گرفت این بازی را چک کند تا ببیند آسونا واقعا در آنجا حاضر است یا نه.

او در این بازی به دلیل یک خطا (error) به جنگل باستانی (Ancient Forest)‌ رسید و با یک بازیکن سلف (Sylph) به نام لیفا آشنا شد، کسی که توسط سه بازیکن سالاماندر (Salamander) تهدید می‌شد.

لیفا بعد از شنیدن این موضوع که کیریتو می‌خواهد به درخت جهان برود به او پیشنهاد کرد که او را همراهی کند و این دو روز بعد سفر خود را آغاز کردند.

آرک Phantom Bullet

یک سال از پایان داستان Sword Art Online و ده ماه از پایان رویداد الف‌هایم آنلاین گذشته است. اگرچه خیلی چیزها به حالت معمول خود بازگشته است اما حوادثی مرموز در یک بازی VRMMO به نام گان گیل آنلاین (Gun Gale Online) در حال رخ دادن بود.

در دو مورد بازیکنی در بازی توسط یک شخص مرموز که خود را دث گان (Death Gun) می‌نامید مورد اصابت گلوله قرار گرفته بود و بازیکن بعد چند ثانیه به شکلی مرموز اتصالش از بازی قطع شده بود، و جسد واقعی بازیکن در روزهای بعد یافته شده بود.

بعد از این که این رخداد دو مرتبه تکرار شد عضوی از بخش جنایات VR یعنی کیکوکا سیجیرو از کیریگایا کازوتو تقاضا کرد تا در مورد این حوادث تحقیق کند و از صحت آن با خبر شود.

با تحقیقات صورت گرفته مشخص شد که تمام اهداف دث گان مرتبط به بازیکنان بالا رتبه هستند. به این ترتیب کازوتو قبول کرد تا آواتار الف‌هایم خود را به وسیله‌ی دانه (The Seed) به آواتار گان گیل آنلاین تبدیل کند و در شناخته شده‌ترین مسابقات این بازی یعنی Bullet of Bullets شرکت کند تا به این وسیله نظر دث گان را به خود جلب کند.

کیریتو در هنگام تقاضا برای یافتن جهت‌های این بازی با یک اسنایپر مونث به نام سینون آشنا شد و او قبول کرد تا کیریتو را راهنمایی کند. اما آن‌ها از این موضوع بی‌خبر بودند که هدف بعدی دث گان کسی نیست جز سینون.

آرک Alicization

کیریتو تا ژوئن سال ۲۰۲۶ مشغول کار در یک شرکت خصوصی به نام راث (Rath) بود که توسط کیکوکا سییجیرو، عضو بخش جرایم VR اداره می‌شد. کار او آزمایش کردن یک ماشین فول‌درایو (FullDive) آزمایشی نسل ۴ام بود که با نام مترجم روح (Soul Translator) خطاب می‌شد و با ماشین‌های فول‌درایو دیگر کاملا متفاوت بود.

شغل کیریتو ظاهر ساده بود: آخر هفته به طور مداوم در فول‌درایو بماند و خاطرات مورد آزمایش او به عنوان یک مقیاس امنیتی بلاک شود. با این حال کمپانی مذکور در واقع خود ماشین را آزمایش نمی‌کرد بلکه بدون اطلاع کیریکو در حال ساخت یک هوش مصنوعی ویژه با نوع پایین به بالا برای اهداف نظامی بود.

کمپانی برای همین هدف روح یک بچه‌ی تازه متولد شده را کپی کرد و به عنوان الگوی هوش مصنوعی از آن استفاده کرد، سپس آن را در یک دنیای مجازی خاص به نام جهان زیرین (Underworld) پرورش داد، دنیایی که در آن زمان به واسطه‌ی Fluctlight Acceleration هزار برابر سریع‌تر از دنیای واقعی بود.

از آنجایی که هوش‌های مصنوعی کمپانی راث برای بهره‌وری نظامی پیش از حد با قوانین سازگار بودند، پس این کمپانی کازوتو را به خاطرات محدود شده به این دنیا فرستاد تا به عدم شکست قوانین توسط ساکنان آندرورلد پی ببرد. کازوتو به عنوان یک بچه نزدیک به یازده سال (با وجود تسریع زمان) را در این دنیا زندگی کرد تا این که نفوذ او در یکی از ساکنان آنجا به آلیس منجر به شکستن یکی از قوانین فهرست تابو (Taboo Index) شد.

کازوتو بعد از نتیجه دادن این آزمایش با خاطرات مسدود شده‌ی خود از زمان حضور در آندرورلد به دنیای واقعی بازگشت. او در هنگام اسکورت کردن یوکی آسونا به خانه، توسط کاناموتو آتسوشی (جانی بلک) مورد حمله قرار گرفت، کسی که آخرین عضو از طرح دث گان بود و موفق شده بود از دستگیر شدن توسط پلیس بگریزد. در میان نزاع آن‌ها، آتسوشی موفق شد تا آخرین سرنگ سوکسینیل را به کازوتو تزریق کند و باعث شود تا قلب کازوتو بایستد.

اگرچه دکترها موفق به بازیابی قلب او شدند اما مغز کازوتو به دلیل کمبود اکسیژن دچار مشکلات جدی شد و او را به کما برد. بعد از این که بدن کازوتو به طور پنهانی توسط نیروی دفاع از خود ژاپن ربوده شد، او به پایگاهی سری در اقیانوس آرام برده شد و به یکی از مترجمان روح متصل شد تا تخریب مغز او درمان شود. کازوتو در اندرورلد بیدار شد و خاطرات دنیای واقعی او همچنان سالم بودند.